Πρόκειται για τον μοναδικό αυτή τη στιγμή ναό στην Ελλάδα που ενώ λειτουργεί κανονικά, εξυπηρετώντας τις ανάγκες των πιστών, ταυτόχρονα είναι κτισμένος επάνω σε σημαντικές αρχαιότητες ανεκτίμητης ιστορικής αξίας, οι οποίες είναι στο μεγαλύτερό τους μέρος ορατές. Εκτός, δηλαδή, από τόπο θρησκευτικής λατρείας αποτελεί κι έναν επισκέψιμο χώρο ιστορικού και αρχαιολογικού ενδιαφέροντος.
Ο μητροπολιτικός ναός της Αρναίας, όπως προκύπτει από μαρμάρινη ενεπίγραφη πλάκα που βρίσκεται εντοιχισμένη στην πρόσοψή του, κτίστηκε ως τρίκλιτη βασιλική το 1812 και τιμάται στη μνήμη του Αγίου Στεφάνου, ενώ το καμπαναριό του χρονολογείται από το 1889. Ναός με μεγάλη ιστορική σημασία, από όπου και πέρασε το 1775 για να διδάξει ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός. Κατά την επανάσταση του 1821 κάηκε εκ θεμελίων, όπως και όλο το χωριό, οι κάτοικοι του οποίου το εγκατέλειψαν και διασκορπίστηκαν στη γύρω περιοχή. Αργότερα επέστρεψαν, ξανάκτισαν το χωριό και την εκκλησία, στην οποία τοποθέτησαν ξύλινο τέμπλο και περίτεχνο δεσποτικό θρόνο, από τους λίγους ξυλόγλυπτους στην περιοχή. Το μοναδικής τεχνικής τέμπλο ήταν δωρεά της μονής Κωνσταμονίτου και περιελάμβανε 70 μικρότερες ξύλινες εικόνες και 14 μεγάλες επενδεδυμένες με ασήμι.
Το βράδυ της 5ης Σεπτεμβρίου του 2005 μια μεγάλη πυρκαγιά ξέσπασε στο εσωτερικό του ναού και τον κατέστρεψε σχεδόν ολοκληρωτικά. Η αιτία της παραμένει άγνωστη μέχρι σήμερα και άφησε πίσω της άθικτη μόνο την πετρόκτιστη τοιχοποιία. Η στέγη κατέρρευσε. Οτιδήποτε βρισκόταν εντός του ναού -οι εικόνες, τα βιβλία, κειμήλια και αντικείμενα ανεκτίμητης ιστορικής και καλλιτεχνικής αξίας, το μοναδικής τεχνοτροπίας επαργυρωμένο και επιχρυσωμένο ξύλινο τέμπλο, ο περίτεχνος ξυλόγλυπτος δεσποτικός θρόνος-, μετατράπηκαν σε στάχτες.
Αμέσως, το Υπουργείο Πολιτισμού με τη συνεργασία των εκκλησιαστικών αρχών και των τοπικών φορέων, αλλά και με την πλήρη συμπαράσταση των πολιτών της Αρναίας και της ευρύτερης περιοχής, ξεκίνησε το ηράκλειο έργο της αποκατάστασης.
Κατά τη διάρκεια των εργασιών ανακατασκευής και ανακαίνισης, στο εσωτερικό του ναού διαπιστώθηκε η ύπαρξη τριών παλαιότερων κτιρίων: μίας μεγάλης τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής που χρονολογείται γύρω στο 400, ενός μικρού μονόχωρου βυζαντινού ναού του 10ου -11ου αιώνα κι ενός μεγάλου ορθογώνιου μεταβυζαντινού οικοδομήματος χωρίς κόγχη του 16ου -17ου αιώνα. Συγχρόνως, ήρθαν στο φως πολυάριθμα ευρήματα από την παλαιοχριστιανική εποχή έως και την περίοδο της τουρκοκρατίας: πήλινα, μαρμάρινα, γυάλινα και μεταλλικά αντικείμενα, κονιάματα και τοιχογραφίες.
Ανακαλύφθηκαν, επίσης, δεκαπέντε ταφές, κάποιες από τις οποίες ανάγονται στην παλαιοχριστιανική εποχή και άλλες στον 16ο αιώνα μ.Χ. Στο ανακαινισμένο δάπεδο του ναού τοποθετήθηκαν ειδικά διαφανή «πάνελ», πάνω στα οποία οι επισκέπτες μπορούν να σταθούν, να περπατήσουν ή να εκκλησιαστούν, παρατηρώντας συγχρόνως φωτισμένο και ειδικά διαμορφωμένο τον αρχαιολογικό χώρο και τα ευρήματα που ανακαλύφθηκαν κάτω από το ναό.
